Genomiske sekvenseringsknutepunkter må gjøres til en permanent del av Indias pandemiske respons-Health News, Firstpost

Genomsekvensering er en ny teknikk, og derfor må fokus legges på å skape bevissthet for både mennesker og klinikere

Utrullingen av vaksiner for å takle spredningen av romanen koronavirus har brakt lettelse for hele verden. Ulikhet i vaksinedistribusjon har imidlertid skapt muligheter for nye varianter. Et robust genomisk overvåkningsprogram må utvikles i India og deretter skaleres opp innen desember 2021, for raskt å oppdage og evaluere nye varianter. Dette vil være avgjørende for å håndtere og dempe trusler mot kollektiv folkehelse.

Hva er genomovervåking?

Genomisk overvåking lar forskere undersøke og sammenligne genom -sekvensen til virusstammene som infiserer befolkningen. Denne karakteriseringen er nødvendig for å forhindre og forhindre nytt covid-19 bølger og fremtidige epidemier/pandemier. Offentlige laboratorier satt i verk av det indiske SARS-CoV-2 Genome Sequencing Consortia (INSACOG) for dette formålet er ikke tilstrekkelig finansiert. Disse offentlige laboratoriene har kapasitet til å behandle 30 000 prøver i måneden.

For å nå sekvenseringsmålet på fem prosent, må India behandle 75 000 prøver i måneden, som er 2,5 ganger den nåværende skalaen. Å øke innsatsen til en størrelse på over fem ganger, vil raskt bruke opp ledig kapasitet i de offentlige laboratoriene. Å gjøre private laboratorier til en del av genomets sekvenseringsprosess kan hjelpe India med å bygge et bedre svar på den forestående tredje bølgen, så vel som fremtidige pandemier.

Hvordan hjelper genom -sekvensering?

Å sekvensere det virale genomet hjelper folkehelsespesialister med å spore spredningen og banen til det muterte viruset, kalt varianter, og utforme effektive strategier. Unnlatelse av å karakterisere varianten påvirker diagnosen og reduserer vår evne til å stoppe infeksjonen og behandle pasienter på riktig måte.

Dette forklarer delvis negative RT-PCR hos infiserte mennesker i den andre bølgen. Vaksiner, den mest effektive kontrollmekanismen i dag, kan også ha redusert respons på varianter. Med eksisterende medisiner og vaksiner som reduserer de gunstige effektene på varianter, vil muligheten for mer alvorlig sykdom øke. For at den skal være effektiv, må overvåkningen gjøres i global skala siden det er slik pandemien sprer seg.

India henger etter

Et samarbeidsinitiativ med åpen kildekode kalt Global Initiative on Sharing All Influenza Data eller GISAID, samler, deler og analyserer allerede data om alle virusinfeksjoner, inkludert COVID. Gjennom sin innsats har GISAID blitt en troverdig kilde for forskere rundt om i verden for å spore virusets bane og hjelpe regjeringer med å lage de mest passende svarene. Fra og med 13. juli hadde India levert 34 997 prøver til dette initiativet. Dette utgjør 0,133 prosent av databasen.

I India, hvor mindre enn en prosent av befolkningen er smittet, kan prøvetaking av fem prosent av de positive tilfellene bidra til å identifisere og spore nye mutasjoner av viruset. Med 45 000–50 000 nye tilfeller krever prøvetaking fem prosent at 2500 prøver samles inn og analyseres hver eneste dag. Vi har nå gjennomsnittlig 450-500 prøver om dagen.

Å øke hastigheten og omfanget av genom -sekvensering i India er derfor helt avgjørende. Dette inkluderer å identifisere de riktige personene, samle prøver av god kvalitet (gjennom en nese- eller oral vattpinne), sende inn prøvene til de riktige laboratoriene som er utstyrt for å utføre testen, og sekvensering av virusgenomet. Til slutt må resultatene deles med INSACOG og GISAID, de indiske og globale organene som sporer mutasjonen. Denne prosessen er uttømmende, men nødvendig, fordi den hjelper til med å spore og kontrollere spredningen av delta- eller enhver annen voksende variant som godt kan resultere i en tredje bølge av pandemien.

For å fremskynde resultatene bør vi få representative prøver fra hotspots eller områder med uvanlige utbrudd, spesielt med fokus på at mennesker blir smittet på nytt. Prøver fra vaksinerte mennesker som blir smittet vil også være nødvendig for å fullt ut forstå graden av mutasjon i varianten. For å oppnå skala vil det være ideelt å investere for å øke kapasiteten til offentlige genom-sekvenseringslaboratorier. Siden behovet er øyeblikkelig og presserende, ville en mer praktisk tilnærming imidlertid være å utnytte kapasiteten i privat sektor i samarbeid med fagforeningen. En ordre fra ICMR har imidlertid forbudt dette for øyeblikket.

Inkludert den private sektoren utnytter uutnyttet kapasitet samtidig som det krever minimale investeringer i infrastruktur og menneskelig kapital. Private labkjeder sier at hver lab kan sekvensere mellom 100-2000 prøver om dagen avhengig av størrelsen. Med tanke på at India har flere slike selskaper, store og små, vil dette være et kjærkomment tillegg i kapasitet. Forutsatt at det daglige antallet tilfeller forblir konstant, 2500 prøver om dagen, vil ikke vise seg vanskelig å sekvensere. I tilfelle eskalerer, kan private laboratorier skalere til to til tre ganger sin nåværende kapasitet med tilstrekkelig finansiering fra regjeringen. Siden disse er en håndfull selskaper, virker det også relativt enkelt å administrere avtalene og gjennomføre denne planen.

Et sentralt nodalbyrå for å sikre at data anonymiseres og lagres sikkert, men ikke det beste alternativet, kan på kort sikt jobbe med å ta opp bekymringer om datalagring, personvern og sikkerhet. ICMR eller NCDC kan være nødvendig for å lage en standardisert protokoll for behandling og lagring av prøver for å sikre høyeste datakvalitet og standardisering.

Regelmessige innsjekkinger hos private aktører kan sikre at målene nås og at kostnadene ikke eskalerer. En måte å gjøre dette på er å fokusere prøvesamlingen på smittepunkter, inneslutningssoner og reiseknutepunkter. Dette vil sikre at målet er på kvaliteten på prøvene og ikke mengden.

Konklusjon

Dette er på ingen måte en altomfattende idé. Tilnærmingen må være flerstrenget. Regjeringen må investere i oppskalering av INSACOGs offentlige laboratorier parallelt mens de åpner flere av dem. Å legge til denne kapasiteten kan virke som en lang og kjedelig prosess, men er absolutt nødvendig for en sammenhengende reaksjon for å avverge fremtidige bølger eller andre pandemier. Gitt at det haster på kort sikt, synes det å involvere private aktører å være en effektiv, effektiv, rimelig og rask løsning.

Genomsekvensering er en ny teknikk, og derfor må fokus legges på å skape bevissthet for både mennesker og klinikere. Kulturelle spørsmål rundt personvern og deling av genomprøver kan skape barrierer for denne svært viktige, men nisjede praksisen, for å gå mainstream. Som vi kan se, er det kritisk for genomiske sekvenseringsknutepunkter å bli en permanent del av Indias politikk for pandemisk beredskap.

Forfatteren var tidligere konserndirektør ved GlaxoSmithKline og deltaker i programmet Graduate Certificate in Public Policy (Health & Lifesciences) ved Takshashila Institution.